巴拿马运河管理局局长巴斯克斯于1月8日表示，为美国船只提供运河通行费优惠将违反国际条约中对运河中立性的规定，可能引发混乱。在接受《华尔街日报》采访时，巴斯克斯强调，运河管理局对美国船只的收费并不比其他国家船只高。对于美国候任总统特朗普提出的为美国船只提供通行费优惠的要求，巴斯克斯明确表示，“规则就是规则，没有例外”，任何破坏中立性的政策都可能引发法律争议。

针对特朗普关于“中国控制巴拿马运河”的言论，巴斯克斯澄清说，中国并未参与巴拿马运河的运营管理。该运河的运营管理工作由巴拿马运河管理局负责。自当选以来，特朗普多次提出要重新掌控巴拿马运河，并声称出于对美国“经济安全需要”的考虑，他不会排除通过“军事或经济胁迫”手段夺取巴拿马运河和格陵兰岛控制权的可能性。

对此，巴拿马总统何塞·劳尔·穆利诺在1月7日表示，在1月20日美国当选总统特朗普就职典礼之前，他不会对“武力夺取巴拿马运河”的威胁作出回应。此前，穆利诺曾声明，巴拿马运河主权属于巴拿马，不存在重新谈判的空间。巴拿马运河如今由巴拿马人自主管理，通行费标准制定程序公开透明，不会给美国船只单独降价。

巴拿马外长马丁内斯-阿查也重申了巴方立场，指出巴拿马政府尚未与美国当选总统特朗普或其代表进行任何接触，并再次强调巴拿马运河主权不容谈判。马丁内斯-阿查表示，巴拿马运河主权是巴拿马人民斗争史的一部分，是不可逆转的胜利成果。巴方期待与特朗普政府维持合作关系，但“唯一掌控运河的是巴拿马人的手”。对于特朗普关于不排除军事手段夺取巴拿马运河控制权的言论，马丁内斯-阿查回应称，巴拿马政府将在特朗普正式就职后根据事态发展作出必要决策。